Z tętnicy szczękowej tylna tętnica skroniowa głęboka przemieszcza się w górę, przechodząc między mięśniem skrzydłowym zewnętrznym, mięśniem szczęki i mięśniem skroniowym znajdującym się z boku głowy. W dole skroniowym (przestrzeń znajdująca się za kością policzkową) tętnica dzieli się na liczne gałęzie. Dół podskroniowy, oprócz tętnicy głębokiej skroniowej, zawiera mięsień skroniowy, nerw uszno-skroniowy, nerwy skroniowe głębokie i tętnicę powierzchowną.
W dole skroniowa tylna tętnica głęboka przesuwa się do mięśnia skroniowego wraz z głębokim nerwem skroniowym. Tętnica dostarcza krew do płaskonabłonkowej części kości skroniowej (znajdującej się na górze kości skroniowej) i okołopierwiastka (zewnętrzna powłoka czaszki), a także do mięśnia skroniowego. Łączy się z tętnicą skroniową środkową i powierzchowną oraz tętnicą skroniową głęboką przednią.